Tu perra tiene mucha dependencia de vosotros.
Lo de que no quiera que la subas en brazos no es tan raro. Sería mejor que tuviera la confianza para dejarse subir pero no es algo grave.
Que no quiera estar sola es muy grave. Supongo que cuando os vais hará mucho ruido, aullará y llorará. Y esto puede dar problemas a los vecinos (siempre hay casos de gente que tiene que mudarse porque el perro es muy molesto). Realmente no sabría darte unos consejos concretos. Lo mejor, habla con un adiestrador o un veterinario que vea el caso y sepa aconsejaros concretamente y ver la evolución poco a poco.