No te preocupes si solo has visto la orina roja esa vez.
Los conejos eliminan diversos pigmentos y minerales por la orina y esto hace a veces que esta se vuelva rojiza. Esta orina rojiza aparece cuando en la alimentación hay un exceso de estas sustancias y entonces el cuerpo del animal las tiene que eliminar por la orina. En otros casos se puede producir un color anaranjado de la orina cuando cambia el pH del intestino del animal por cambios en la alimentación o administración de algunos fármacos.
No tienes que preocuparte a no ser que se haya pegado algún golpe fuerte, lo encuentres decaido o que siga haciendo ese color de orina varios días seguidos. De todas formas si vuelve a orinar así y quieres quedar más tranquilo ponle una hoja de papel blanco debajo para que orine encima, si el color es rojo fuerte lo más probable es que la orina lleve sangre y si es anaranjado-amarillento se trata de estos pigmentos.
Revisa la alimentación del animal de paso a ver si la que le estás dando es adecuada y si puedes corregir ese desequilibrio mejor. Los pigmentos citados no solo están en zanahorias, remolachas y demás vegetales frescos sino muchas veces en los piensos preparados para conejos. En conejos de producción se usa un truco que es dar yogur para equilibrar la flora intestinal de los conejos, puedes probar a darle un poco de yogur blanco sin azucar de vez en cuando.Aquí te dejo un par de enlaces sobre alimentación que te pueden orientar.
http://blogs.sawebsos.com/index.php/mascotas/2006/07/11/la_dieta_de_un_conejo
http://www.mundoconejo.com.ar/mundoconejo.php?c=ali