Hola Laurita y bienvenida al foro.
Lo mejor sería que antes de decir lo que puede o no puede ser, nos pusieras algunas fotos de tu iguana y nos expliques un poco en condiciones está, terrario, iluminación, alimentación que le estas dando, vitaminas, temperatura, tipo de sustrato, etc.
Así iremos descartando cualquier posibilidad.
De todas formas, cuentame un poco, ¿Esas manchitas negras que dices, son ácaros o solo son unas manchas en las escamas? Te lo digo por qué en las iguanas podemos encontrar ácaros negros o rojos, si es eso ya te digo un producto con el que desparasitarla a ella y al terrario.
Los ácaros estresan a los animales y en el caso de las iguanas el estrés, el frío, el celo, etc, provocan esos cambios de tonalidad y color en su piel.
Salud.
Salud.